В VI—XV веках аул являлся центром независимой области Зирихгерана, жители которой были известны под именем зирихгеран (от персидского кольчужники).
С XV века жители известны под тюркским именем Кубачи с тем же значением.
Около 1305 года жители села принимают ислам. Накануне исламизации Зирихгеран, очевидно, переживал политический кризис. Согласно преданию, среди жителей главного селения Зирихгерана происходит раскол, причем меньшая часть жителей основывает село Ашты. Вскоре часть зирихгеранцев отпадает от главного селения и основывает село Шири и Сулевчи. Второе образовалось, когда кубачинцы решили построить мельницы у реки и поставили хозяйства для ухода за ними.[5] Именно этим периодом, то есть XIII—XIV веками, исследователи склонны датировать строительство вокруг Зирихгерана крепостных стен с башнями-фортами, остатки которых сохранились доныне[6]. Согласно Фануччи выстроили и заселили поселение Кубачи генуэзцы. В XVIII веке академик Иоганн Антон Гильденштедт в описании своего путешествия по Кавказу сообщил, что в Кубачи живут потомки генуэзцев[7].
Кубачинцы-зерихгерани выплавляли железо из руды в местности Хябкойла катала около аула Чумли, а затем металл привозился в Угбуг-Кубачи, где его окончательно обрабатывали[8].
Согласно местному преданию, Верхний квартал селения принял ислам на 7 лет позже Нижнего. Отмечается, что исламизация Зирихгерана носила принудительный характер и была осуществлена посредством договора. Большую роль в этом сыграли, с одной стороны, упорные походы газиев с кайтагских баз (из Кала-Корейша, а затем и шейха Хасана из Шири), а с другой — Шамхала и газиев Кумуха.
Около 1467 года впервые упоминается имя Кубачи или Гюбечи, что на тюркском означает «бронники, изготовители доспехов».
Путешественник начала XVIII века А. И. Лопухин так описывает Кубачи в своих сочинениях:
От сего города (Дербента) в горах на полтора дни езды есть один город, именуется Кубеши, о котором сказывают, что место жилом великое и есть около ево стена каменная. А особливо, сказывают, очень крепок положением места. Жители в нём все люди мастеровые и торговые, ни с кем ссоры не имеют и они никого не слушают, живут сами собою, а управителей из своей братьи имеют погодно. Ремесло у них такое — делают много хорошева ружья мелхого, также, сказывают, и пушки льют. Они ж имеют у себя немалое довольство шерсти, ис которой сукна делают сами, и по их мастерству не худо делают. А шерсть у них изрядная и мехка, купят оную весом в батман, в котором 14 фунтов, за самую добрую по 20 алтын батман, а иное время и меньши. И складывана та шерсть с гишпанскою шерстью, хороша. А такова не будет, токмо ис тамошних шерстей лутче её нигде не сыщется[9].
О кубачинцах в XVIII веке российский государственный деятель и историк В. Татищев высказал следующие:
Кубачи, есть малый народ в Дагистани, но весьма прославленный их работами, как например ружья, сукно, бурки, золотые, серебреные и железные мелочи, и чрез то немало от них подложных монет персидских, турецких и русских златых и серебреных происходит[10].
С 1965 по 2015 года носил статус посёлка городского типа. В соответствии с постановлением Народного собрания Республики Дагестан от 25 июня 2015 года посёлок Кубачи был преобразован в село.
